Początki powstania tej miejscowości giną w mrokach przeszłości. Brak jest dokumentów w postaci wykopalisk z najbliższej okolicy, które świadczą o tym, że osada ta istniała w okresie przedhistorycznym lub w jej początkach.
 Pierwsze wzmianki o Pępowie pochodzą dopiero z 1136 r. stwierdzający, że wieś ta wchodziła w skład majątku arcybiskupstwa gnieźnieńskiego. W 1267 r. odłączono Pępowo i okoliczne wsie od Krobi i utworzona została odrębna parafia. Prawdopodobnie wówczas pobudowana została przez kapitule gnieźnieńska pierwsza świątynia pod wezwaniem św. Andrzeja. Zbyt duża odległość Kapituły od posiadłości pępowskiej powodowała wiele trudności w prowadzeniu majątku. Dlatego, też w 1383 r. cześć ziemi została odsprzedana (lub zamieniona) staroście wielkopolskiemu, Peregrynowi z Wegrzyna. Kilkanaście lat później w 1444 r. jako właściciel tej części Cepowa odnotowany został Peregryn Pampowski, członek śląskiego rodu, Przepkowiezów z Gozdowa. Ostatnim z rodu Pampowskich, został wymieniony Ambroży z Ponieca, starosta średzki. Zmarł on w 1571 r. i pochowany został w kościele w Środzie. Po jego śmierci właścicielami wsi został Melchior Konarzewski wraz z swa żona Anna Siedlecka herbu Odrowąż.
Po Melchiorze majątek odziedziczył jego syn Andrzej Konarzewski, fundator kościoła i klasztoru filipinów na Świętej Górze w Gostyniu, który zmarł w 1676 r. Wdowa po nim, Zofia z Opalińskich wyszła powtórnie za mąż za Wacława Leszczyńskego i zamieszkała prawdopodobnie w Głuchowie, zaś dobra oddała w 1695 r. w dzierżawę Janowi Opalińskiemu, a w 1693 r. Andrzejowi Boczkowskiemu. W 1695 r. dobra rodowe objął syn, Filip Konarzewski ożeniony z Teofila Leszczyńska. Po jego śmierci w 1703 r. majątek odziedziczyła jego córka Weronika Konarzewska, która wniosła je w posag Maciejowi Mycielskiemu - chorążemu poznańskiemu, którego główna rezydencja znajdowała się w Szubinie. Po śmierci Macieja Mycielskiego w 1747 r. oraz Weroniki z Konarzewskich w 1762 r. Pępowo oraz cały klucz tuliszkwski odziedziczył trzeci syn - Józef Mycielski, starosta koniński ożeniony z Franciszką Koźminska. Po nim dobra przejął jego syn Michał, a w 1815 r. jego wnuk Teodor Mycielski. Syn Teodora, Ignacy w roku 1876 sprzedał majątek księdzu Wilhelmowi Radziwiłłowi z Berlina, który z kolei w 1881 r. sprzedał go Adolfowi Hensamannowi, jednemu z twórców Hakaty. Po nim dobra dziedziczył jego wnuk Albrech, po którego bezpotomnej śmierci 1915 r. dobra przeszły w ręce jego siostry Matyldy, żony Joachima Oertzena. Do końca II wojny światowej majętność należała do niego.
Najwcześniejsze wzmianki w dokumentach dotyczących wsi w gminie pochodzą z 1136 r. z okazji powołania przez księcia głogowskiego Henryka II powiatu ponieckiego. Wówczas wymienione zostały: Bobkowice, Siedlec, Krzekotwice, Pasierbice i Wilkonice. Po pięciu latach doszły Kuraszkowice, czyli późniejsze Skoroszewice (1310), w połowie XIV wieku Pampowo. U schyłku XIV pojawił się Czeluścin (1395 r.) i Krzyżany, czyli późniejsze Krzyżanki (1399 r.). Te kilku zagrodowe osady później stały się wsiami o dzisiejszym znaczeniu. W 1424 r. zapisano nowa nazwę Chocieszewice.
 Pierwotna nazwa to Pampowo (używana do roku 1800), pochodząca od Pampucha, czyli pączka w maśle. Władze pruskie zaczęły stosować pisownię Pempowo, stąd po I wojnie światowej pojawiło się Pępowo. Podobnie było z Babkowicami. Do 1800 roku były to Bobkowice, ale widocznie honor mieszkańców ucierpiał na skojarzeniach, więc nazwa uległa uszlachetnieniu. Nazwy miejscowości pochodzą od imion i nazwisk osadników (np. Bobek - Bobkowice, Chociesz - Chocieszewice). To tutaj, w dorzeczu Dąbroczni znalazło się wielkie skupisko typowych dla VII - VIII wieku nazw kończących się na -ice (np. Skoraszewice, Krzekotowice, Wilkonice). Obecne Pępowo składa się z dawnego Pampowa i Chocieszewic (w których znajduje się pałac). Nazwa Pampowo pochodzi oczywiście od nazwiska Pampowskich (znanym członkiem tego rodu był Ambroży Pampowski).
Już w XIV wieku rycerstwo przekształciło się w stan szlachecki. W celu zwiększenia swych dochodów zakłada się folwarki na ziemi odebranej sołtysom, na pustkach, po wymarciu rodzin chłopskich i na rachowiskach. W wieku XV istniały wzmianki o Szarparkach (1424 r.), które w XVII wieku zupełnie wymarły z powodu epidemii i o Gebicach (1427 r.). Pomiędzy Bobkowicami a Chocieszewicami powstało (znane w latach 1596 - 1698) Spajkowo, nazwane od Spajka, kmiecia lub zarodnika. Na zachodnim krańcu Krzyżanek według dokumentów z 1612 i 1715 r. istniał Kopacz. Od końca XVII wieku do XVIII wieku powstało również Lebkowo pomiędzy Bielawami a dzisiejszym Anielinem.
W drugiej połowie XVIII wieku postawiono kilka folwarków. Obok Bielaw podbudowano Nowy Folwark (1810 - 1831 r.), który wrócił później do nazwy Bielawy. Przed 1744 r. Gębice ufundowały sobie folwark Bugaj. Istniały również folwarki Budy Bobkowiskie, Jelęcin (dzisiejszy Elęcin) aż do 1847 r. W połowie XIX wieku, a wiec tuż przed uwłaszczeniem zjawiły się nowe osady: Huta Kleparska, Anielin i Kościuszkowo. Kościuszkowo powstało w 1834 r. nazwane na cześć Tadeusza Kościuszki. Anielin w 1846 r. - upamiętniał imię pierwszej żony hrabiego Teodora Mycielskiego - Anieli z Mielżynskich z Miłosławia. Do najmłodszych wsi należą Ludwinowo i Magdalenki. Ludwinowo powstało w czasie regulacji gruntów i uwłaszczenia chłopów z przeniesionej za las wsi Chocieszewice, nazwane od imienia Ludwiki Bisping, drugiej żony hrabiego T. Mycielskiego. Magdalenki założyła Magdalena Bojanowska, przenosząc tam uwłaszczonych chłopów krzekotowickich, na grunty poprzednio należące do uposażenia szkoły im. Marii Magdaleny w Poznaniu. Najmłodszą wsią w gminie jest Kościuszkowo powstałe w 1935 r. z rozparcelowanego folwarku o tej samej nazwie. W 1904 r. połączono Chocieszewice z Pępowem i nazwa dworu należącego do Gerta von Oertzena, tak trudna do wymówienia dla Niemców - zniknęła. Na obszarze gminy mieszkało w czasie spisu powszechnego sporządzonego w 1900 r. - 5013 mieszkańców, głównie Polaków. Rodziny niemieckie (protestanckie) osiedlały się głównie w Chocieszewicach i Czeluścinie, które to wsie znajdowały się w rękach niemieckich.