Pierwsze informacje o wsi pochodzą z 1710 r. Wówczas Wilkonice należały do rodu Awdańców. W 1852 r. w Wilkonicach założono szkołę katolicką, jednoklasową. Powstała ona dzięki inicjatywie proboszcza ks. Kropiwnickiego. Budowę rozpoczęto 26 lutego 1852 r., a poświęcenie miało odbyć się 15 października 1852 r. W XVI wieku przy Wilkonicach powstał osobny dział, stąd stara wioska przyjęła nazwę Wilkonic Wielkich, nowa zaś osada Wilkonic Małych, powszechnie zwanych Wilkoniczkami. W końcu XIX w. w Wilkonicach istniała mleczarnia i gorzelnia. Pod koniec XIX w. Wilkonice zamieszkiwało 299 mieszkańców (1890 r.), z tego 2/3 mieszkały we własnych gospodarstwach, a reszta to pracownicy folwarczni.